Es importante que en DNAsp verifiquen las opciones que van a seleccionar dependiendo de la naturaleza de sus secuencias. Si de la misma forma que yo están trabajando DNA mitocondrial, entonces las opciones utilizadas en este video deberían funcionar.
El archivo de salida en este caso puede el .arp puede ser utilizado en el programa Arlequin para hacer análisis poblacionales, como por ejemplo un AMOVA.
El .nexus es el que vamos a utilizar en PopArt.
Acá les dejo un conversor de FASTA a NEXUS (por razones de yt lo dejo escrito así)
sequenceconversion.bugaco PUNTO com/ converter/biology/sequences/fasta_to_nexus.php
Es importante que los TRAITS y los TAXLABELS (estos se encuentran al inicio del archivo nexus) se escriban igual, por ejemplo si los TAXLABELS están descritos como Hap_1, en los TRAITS deben estar escritos de la misma forma.
Acá está descrito lo que tienen que copiar y pegar al .nexus, sólo hay que modificar los rasgos que apliquen a su estudio como se explica en el video.
BEGIN TRAITS;
Dimensions NTRAITS=3;
Format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels Norte Centro Sur;
Matrix
Hap_1 8,6,7
Hap_2 1,0,2
Hap_3 1,0,0
Hap_4 1,0,0
Hap_5 1,0,0
Hap_6 1,0,0
Hap_7 1,0,0
Hap_8 2,0,1
Hap_9 0,1,0
Hap_10 0,1,0
Hap_11 0,1,0
Hap_12 0,1,0
Hap_13 0,1,0
Hap_14 0,1,0
Hap_15 0,1,0
Hap_16 0,1,0
Hap_17 0,0,2
Hap_18 0,0,1
Hap_19 0,0,1
Hap_20 0,0,1
Hap_21 0,0,1
Hap_22 0,0,1
Hap_23 0,0,1
Hap_24 0,0,1
Hap_25 0,0,1
Hap_26 0,0,1
Hap_27 0,0,1
Hap_28 0,0,1
;
end;
Негізгі бет Cómo hacer una red de haplotipos en PopArt
Пікірлер: 8